В любом случае при Ипепи I отношения между гиксосами и правителями Фив были довольно хорошими. Лишь в самом конце его царствования князья с юга начали восставать против азиатских владык. Сохранился художественный текст (к сожалению, не полностью), в котором описывается всплеск вражды, случившейся при фиванском правителе XVII династии Секененра. Согласно этому источнику, Секененра правил городом на юге (то есть Фивами), князь Ипепи находился в Аварисе и собирал дань со всего Египта. В фиванском пруду жили бегемоты, которые мешали спать Ипепи.
Посоветовавшись со своими советниками, Ипепи потребовал, чтобы Секененра принял меры (неясно какие) по утихомириванию животных. Поскольку расстояние между Фивами и Аварисом составляло более 650 км, этот эпизод трактуют как оскорбление и выдвижение невыполнимого требования, что стало формальной причиной начала войны. Однако, по мнению Т. Сейв-Содерберга, Ипепи, бывший истовым приверженцем культа бога Сетха, заботился о защите гиппопотамов, которых почитали как одно из священных животных этого божества.
Египтяне же традиционно охотились на бегемотов и приносили их в жертву. Получив это послание, Секененра созвал свой совет. На этом месте текст прерывается. Можно с легкостью догадаться о его продолжении: Секененра отверг ультиматум гиксосов, и началась война за освобождение.
На западном берегу Фив, неподалеку от царского некрополя в Долине царей, в Дейр-эль-Бахри, жрецы XXI династии спрятали мумии царей от грабителей гробниц. В этом «тайнике» была найдена мумия Секененра.
На его теле осталось множество ужасных ран, из-за чего сложилось мнение о том, что царь был убит в сражении с гиксосами. Это всего лишь предположение, поскольку происхождение ран можно объяснить и другими причинами. Например, Г. Винлок предположил, что они могли быть нанесены в результате покушения во время дворцового переворота."
"Нам неизвестно, как умер Секененра. Но совершенно ясно, что начиная с его правления стали предприниматься активные действия по свержению гиксосского владычества.
Ниже мы рассмотрим подробности этой борьбы с точки зрения фиванских царей. В ходе данного противостояния Ипепи потерял контроль над частью египетских земель. При его преемниках граница подвластных гиксосам земель сместилась на север к Атфиху, расположенному к югу от Фаюмского оазиса. Тем не менее фиванцам удавалось проникнуть в глубь гиксосских земель, вплоть до Авариса. А второй после Секененра царь Яхмес смог полностью изгнать иноземцев с территории Египта.