На головы молодых ученых, которые не желали мириться с застоем в науке, полились потоки брани. Я. Сильвий требовал расправы над ними и даже обращался к императору с призывом примерно наказать Везалия. На сторону старого профессора встало большинство именитых медиков, а вскоре сочинением Везалия заинтересовалась и церковь. Внося поправки в положения Галена, ученый вольно или невольно задевал и церковное учение, а это уже ересь. Ведь если Бог создал Еву из ребра Адама, значит, у мужчины должно быть на одно ребро меньше, чем у женщин.
Везалий же, вскрыв множество трупов, увидел, что это не так… Не посчитался он и с утверждением о том, что в человеческом скелете есть неуничтожимая косточка, которая не горит в огне и т. д. В ней заложена та таинственная сила, с помощью которой человек воскреснет в день Страшного суда, чтобы предстать перед Господом. И хотя эту косточку никто не видел, ее описывали в научных трудах и в существовании ее не сомневались.
А Везалий прямо заявил, что при исследовании человеческого скелета он такой косточки не обнаружил. Многие другие утверждения сочинения „О строении человеческого тела“ тоже были признаны еретическими. С каждым днем обстановка вокруг ученого накалялась. Профессора, еще так недавно относившиеся к своему молодому коллеге с почтением, стали сторониться его, даже не отвечали на поклон.
Поредели ряды слушателей на лекциях Везалия, многие студенты благоразумно перешли к другим преподавателям, по городу стали распространяться самые нелепые слухи и анонимки. Везалий пытался бороться, но в одиночку ему приходилось трудно, противники же сделали все, чтобы жизнь ученого стала невыносимой. К тому же его делом всерьез занялась церковь, и Везалий понял, что надеяться ему не на что: в атмосфере травли и злобной клеветы над ним могут в любую минуту учинить расправу.
Ему горько было расставаться с Падуей и университетом, не хотелось прерывать свои исследования, но другого выхода не было."
"Как раз в это время Везалий получил приглашение от императора Карла V занять место придворного лекаря Королевский двор, находившийся тогда в Брюсселе, мог бы стать для ученого надежным укрытием от преследований.