Не довольствуясь устными высказываниями, Сервет решил открыто и откровенно написать о том, о чем думал… В 1531 году он опубликовал трактат «Об ошибках учения о Троице», и уже одного названия хватило бы, чтобы отправить автора на костер. И строгие католики, и ревностные протестанты восприняли эту книгу как произведение весьма вредное, сам же Сервет в предисловии писал, что берется восстановить апостольское учение в его первоначальной чистоте и освободить главный догмат христианства от того, что было, на его взгляд, выдумкой схоластов и только запутывало существо вопроса.
Суждения его основывались на тщательном изучении оригинальных текстов Священного Писания, где нет упоминаний о Святой Троице, божественных ипостасях и соотношении лиц в Боге. В своем трактате Сервет утверждал, что Иисус Христос рожден во времени от Бога и Девы: он — Бог по благодати, то есть человек — носитель божественной мудрости. Бог по природе своей — один, Он — единая субстанция, в которой существуют два соотношения — Дух и Слово.
Сам в себе Бог непостижим, и постичь его можно только через Слово — Иисуса Христа. Слово — глас Божий, известный порядок в Боге, посредством которого Богу угодно открывать тайны своей божественности. Слово сделалось плотью, то есть Бог открыл свои предначертания. Святой Дух — не есть сам по себе какое-либо существо, но Бог есть дух, когда освящает нас, когда дает нам свой дух. Святой Дух просвещает и освящает человеческое сердце через слово Христа.
После выхода в свет книги «Об ошибках Троицы» Сервет вынужден был покинуть Испанию.
В 1532 году под именем Михаила Вилланова он появился в парижском колледже Кальви. Но, изменив имя, Сервет не изменил своим убеждениям. В Париже он сосредоточил свои интересы на изучении естественных наук, математики и медицины; не пропускал ни одной лекции знаменитых профессоров, изучал труды древних мыслителей и современных ему естествоиспытателей, участвовал в ученых диспутах. Но нужда не давала ему возможности всерьез заняться наукой, и тогда он решил найти работу, чтобы сносно существовать и заняться любимым делом.
Работа нашлась в Лионе, где Сервета приняли корректором в типографию, издававшую самые различные научные труды. Читая корректуры этих изданий, он познакомился с произведениями древних и современных ему авторов; случалось, что ему поручали составить комментарии к научным изданиям, и тогда он получал возможность высказать собственные мысли и блеснуть своими знаниями.