На тот момент должности председателей региональных СНХ заняли 9 заместителей глав правительств четырёх союзных республик, 22 республиканских министра, 41 заместителей министра и 22 начальника главных управлений союзных и союзно-республиканских министерств. Причём, как указали ряд историков (В.Н.Горлов[485]), сроки и темпы переброски десятков тысяч высококлассных специалистов из центра в провинциальные совнархозы «были столь коротки и поспешны», что невольно создавалось впечатление, что «Н.С.Хрущёву очень не терпелось выслать из столицы влиятельных хозяйственников», на которых опирались Н.
А. Булганин и другие руководители союзного правительства. При этом высший руководящий состав самих совнархозов, то есть начальники главных управлений, сводных отделов и директора крупных комбинатов и трестов набирались в основном из местных кадров, поскольку вся местная партийная бюрократия, которая и поддерживала эту реформу, была убеждена, что может обойтись без посланных «столичных начальников».
Однако, даже вводя территориальный принцип управления, Совет Министров СССР принял решение о том, чтобы в центральных органах власти, например в Совете Министров РСФСР, были созданы территориальные и отраслевые группы по совнархозам, автономным республикам, краям и областям.
Более того, начиная с 1959 года в аппарате Совета Министров РСФСР[486] стали проводить укрупнение подразделений и объединять территориальные группы с отраслевыми. В результате предприятия машиностроения, чёрной и цветной металлургии, нефтяной, угольной и химической промышленностей оказались в одной группе, получившей наименование «тяжёлой промышленности».
Таким образом, с самого начала отраслевой принцип управления де-факто сохранялся в виде отраслевых управлений совнархозов не только на местах, но и в центральном аппарате. Впоследствии отраслевой принцип управления только усиливался, в результате чего, как совершенно справедливо указали многие историки и экономисты, возникло одно из главных противоречий совнархозовской реформы: стремление сохранить централизацию управления при переносе основных управленческих функций на уровень самих регионов.
Непонимание лично Н.С.Хрущёвым этого очевидного факта привело к тому, что недостатки в работе столь нетрадиционной системы управления народным хозяйством страны стали устраняться традиционным путём — укрупнением СНХ, когда всем стало очевидно, что темпы экономического роста, которые заметно выросли с началом их работы, вскоре стали резко снижаться.