Но с другой стороны, происходило это все на башкирских землях и во многом за счет местного населения. Вместо прежнего легкого ясака появилась подушная подать, которая стала неуклонно расти. Под строительство заводов и крепостей у башкир были отторгнуты миллионы десятин земли. Правительство разрешило продажу башкирских общинных земель. Их стали расхватывать как русские помещики, так и башкирская верхушка, служилые башкиры. Они закабаляют местное население. Башкир обязали вместе с русскими нести охранную службу на укрепленной линии.
Здесь, как и в Поволжье, стала проводиться насильственная христианизация, что встречало сопротивление местных жителей. Постепенно обстановка в крае накалилась до предела, и в конце 30 — начале 40-х гг. народ восстал. Власти пытались подавить восстание в самом начале. При этом они опирались на башкирскую верхушку, которая поддерживала русскую администрацию. Вместе с карателями «верные башкиры», как говорят документы, расстреливали повстанцев, кололи их штыками и копьями. Пойманных вождей восстания, среди которых были и местные тарханы (феодалы), подвергали устрашающим публичным казням.
Но это лишь распаляло народ. Бунтовщиков поддерживали все новые районы Башкирии. На подавление восстания были брошены дополнительные войска. Они огнем и мечом расправлялись с взбунтовавшимся народом. Людей сажали на кол, подвешивали за ребра, рубили им головы. За время восстания от рук карателей пали свыше 16 тысяч башкир. В ответ повстанцы начали уничтожать захваченных в плен карателей, а также местных русских дворян, чиновников вместе с их семьями.
Жестокость порождала ответную жестокость. Восстание подавили, но властям пришлось сделать уступку: подушная подать была ликвидирована и снова введен обычный ясак. Вышел запрет на захват башкирских общинных земель.
Башкиры силой оружия, многими человеческими жертвами отстояли некоторые свои права. Но заводы на башкирских землях продолжали строиться; под них отводились новые земли, усилился и процесс колонизации края. Сюда продолжали приезжать дворяне, переселялись русские крестьяне.
Власти вместо отмененной подушной подати установили косвенные налоги, в частности заставили покупать башкир соль по повышенной цене. Продолжалось преследование мусульманства, вышел запрет на строительство мечетей. Оказалось, что правительство ничему не научилось в ходе первого восстания.
Поэтому закономерным ответом на эти меры стало новое восстание башкир в 1755 г. Его лидером стал мулла по прозвищу Батырша.
