Петр установил связь восставших с происками царевны Софьи. Софья была пострижена в монахини. Более двух тысяч стрельцов казнено дополнительно, 195 человек Петр приказал повесить напротив её кельи. Царь вместе со своими соратниками сам рубил головы ненавистным стрельцам.
После расправы с бородами, переодевания придворных в западные костюмы и казни стрельцов Петр приступил к некоторым иным нововведениям в русской жизни.
Россия давно уже нуждалась в высших и средних специальных учебных заведениях. Теперь, в условиях реформирования армии и создания собственного флота, Петр нуждался в специалистах — военных, кораблестроителях, моряках.
Познакомившись за рубежом с университетской системой образования, академиями, научно-исследовательскими учреждениями, музеями, он мечтал внедрить нечто похожее и в России. Начал же Петр с создания «навигацкой» (т. е. навигационной) школы в Москве, где приглашенные из Англии преподаватели (а в двух первых классах — русские учителя по русскому языку и арифметике) приступили к обучению учащихся математике, геометрии, картографии, астрономии, навигации и другим наукам, к ознакомлению с морскими инструментами и приборами.
Открылись и другие школы. Туда зачисляли юношей — недорослей, боярских и дворянских детей, которые раньше ничему и нигде не учились. Многих Петр заставлял учиться насильно, отрывая от семей, вытаскивал из теплых насиженных родительских углов.
По повелению царя в Москве была открыта новая типография, где предполагалось печатать книги не на старославянском языке, а новым гражданским шрифтом.
С 1 января 1700 г. Петр приказал ввести в России летоисчисление не по церковному образцу — от сотворения мира (с 1 сентября), а по европейской традиции — от Рождества Христова. Вместе с новым календарем в Россию пришёл новогодний праздник с елкой. Этот обычай Петр также внедрил, наглядевшись на новогодние торжества в европейских странах. Появились и некоторые другие новшества, пришедшие с Запада.
Так, царь в 1698 г.
учредил первый и высший орден России — орден Святого Апостола Андрея Первозванного — покровителя Руси. 20 марта 1699 г. орден Св. Андрея Первозванного № 1 вручен боярину Федору Алексеевичу Головину, «храбростью своею снискавшему себе славу в войне с турками» и блистательно возглавлявшему Великое посольство.
Продолжая борьбу своих предшественников с засильем воевод в российских уездах и городах, Петр в 1699 г. провел городскую реформу.
